Lipniki istniały prawdopodobnie już w czasach pruskich(osada na bagnach), świadczą o tym choćby opowieści Mazurów oraz stare fortyfikacje obronne(np.strzegące przed najazdami Tatarów). Pewne jest,że przed rokiem 1775 istniał już w Lipnikach dworek szlachecki.Natomiast niektóre źródła podają,że w 1782 roku Lipniki liczyły cztery dymy,a w1858 roku obejmował 13 włok(powierzchnia gruntu) i 10 morgów magdeburskich z 7 domami mieszkalnymi. W 1904 roku do Lipnik należało 19 włok.
Informacja o Lipnikach ze strony www.jedwabno.com :
HISTORIA LIPNIK
„Lipniki to dawny majątek rycerski. Do 1945 r. należał administracyjnie do wsi Jedwabno. Dokładna data jego założenia nie jest znana. Przypuszcza się, że istniał już w czasach krzyżackich. Pierwsza wzmianka na temat Lipnik pochodzi ze sprawozdania z wizytacji jedwabnieńskiej parafii ewangelickiej w dniu 25 lipca 1687 r. dokonanej przez rewizora Chrystiana Wilhelma von Derschau. Dowiadujemy się z niego, że H. Birnhauer z Lipnik pozostawał w sporze z innym możnym parafianinem, H. Drauschwitzem. Spór dotyczył ławki zajmowanej przez nich w kościele. Ze sprawozdania z 1697 r. możemy się dowiedzieć, że ojciec Birnhauera był właścicielem Lipnik. Król Pruski Fryderyk II Wielki zapisał Lipnki porucznikowi Schmidtowi wraz z podniesieniem go do stanu szlacheckiego. Dokument wydany przez Fryderyka Wielkiego przechodził później z rąk do rąk kolejnych właścicieli, aż do ostatniego z nich przed rokiem 1945. Porucznik Schmidt sprzedał Lipniki porucznikowi Rastowi. Później majątek ten znajdował się w posiadaniu rodziny Fleischerów.
W 1848 r. w Lipnikach znajdowało się 7 budynków mieszkalnych. W 1873 r. jako właściciela majątku wymieniono Richarda Godczeba. W 1879 r. właścicielem był pochodzący spod Brodnicy August Kulow. W jego imieniu majątkiem zarządzał administrator o nazwisku Pankin. W tymże roku majątek posiadał 265 ha i musiał zapłacić 946 marek podatku. Około 1890 r. właścicielem Lipnik na skutek licytacji został Żyd o nazwisku Lewin. Po 1890 r. właścicielem był Erdmann Dobberstein, około 1903 r. – Wilhelm Penk i przed 1910 r. porucznik Langensteaßen. Ten ostatni sprzedał Lipniki w 1912 r. gospodarzowi Adolfowi Busse. W 1914 r. Busse odstąpił majątek swojemu, pochodzącemu z Nadrenii szwagrowi, gospodarzowi Eugenowi Rochowi. W rękach rodziny Rochów Lipniki pozostały do 1945 r. Ostatnią właścicielką była jedyna córka Eugenia Rotha – Ilse. Eugen Roth zmarł w 1963 r. w Korbach w Hesji, w wieku 80 lat. Ilse Roth po II wojnie światowej osiadła w Kolonii.
Wielkość majątku Lipniki na początku jego istnienia wynosiła około 300 ha. W 1919 r. majątek liczył 286,36 ha, a tuż przed 1945 r. – 182,5 ha. Przed II wojną światową w skład majątku wchodziło: 141 ha gruntów ornych, 9 ha łąk, 10 ha pastwisk, 20 ha lasów, 0,5 ha ogrodu, 0,5 ha wód, 1 ha ziemi leżącej odłogiem i 5 ha dróg i podwórza. W 1919 r. w majątku zamieszkiwały 62 osoby. Tuż przed 1945 r. Lipniki liczyły 38 mieszkańców (z czego 3 osoby to rodzina Rothów). W 1924 r. zbudowano nową siedzibę właścicieli. Był to dwupiętrowy budynek budynek 16 pomieszczeniami, centralnym ogrzewaniem i ciepłą wodą. Robotnicy (łącznie 10 rodzin) mieszkali w trzech specjalnie dla nich przeznaczonych budynkach. Po 1945 r. majątek Lipniki przekształcono w państwowe gospodarstwo rolne. Po 1989 r. PGR Lipniki upadł, jednakże pozostałe po nim osiedle w dalszym ciągu służy mieszkańcom.”